藤枝明誠でも最初は出番がなかった。個の打開力はチームの中でもトップクラスだったが、周りとのコンビネーションが噛み合わず、彼の負けん気の強い性格もあり、なかなかチームと折り合わなかった。

「1年の時は田村監督、2年の時は松本監督に『プレーが軽い』『声を出さない』とずっと指摘されていました。今思うとそう言われて仕方がないのですが、この時は『なんでここまで言われるんだろう』とずっと思っていました」

　高２までは６つのカテゴリーの中で一番下のカテゴリーでプレーすることもあった。A１チームに引き上げられてトップの試合に出るも、翌週にはB１チーム以下に落とされることもあった。だが、彼は「辞めたいとかは一切思わなかった」と周囲の信頼を得るために毎朝と夜の自主練は欠かさなかった。新チームに切り替わった最初はBチームスタートだったが、3月のイギョラカップで活躍を見せると、プリンスリーグ東海開幕戦では高校に入って初のトップチームのスタメンに抜擢された。

　開幕戦の相手は静岡学園。４-３-３のセンターフォワードとして出場した彼は、ずっと憧れていたグリーンのユニホームに対し、持ち前のスピードと突破力、そしてシュートセンスを爆発させた。静学相手に４人抜きのドリブルシュートでのゴールを含め、2ゴールの活躍を見せ、３-２で勝利を収めると、チームはそこから破竹の８連勝。藤本も第4節の浜松開誠館高戦、第7節の四日市中央工高戦でともに２ゴールを叩き出すなど好調を維持。まさに堰を切ったかのようにブレイクを迎えたエースは、すぐに強豪大学の目に留まった。

「レギュラーを取れたと思ったら、４連勝した直後にいきなり鹿屋体育大から声をかけてもらったんです。僕は福岡出身なので鹿屋の強さはずっと知っていたし、『行けたらいいな』と思っていた大学の１つでした。それで練習に参加したら『来てほしい』と言われたので、すぐに決めました」

　右の遠野大弥（現・アビスパ福岡）と真ん中の藤本で形成される藤枝明誠の３トップの破壊力の凄まじさはさらに増し、選手権予選では１次トーナメントから勝ち上がると、準決勝で静岡学園、決勝で浜松開誠館を下して7年ぶり２回目の選手権出場を手にした。選手権では初戦敗退となったが、藤本は静岡で大きく成長して九州に戻ってきた。