長期の中断を挟んだのち、J２は一足先に６月27日に再開。こちらは最終盤まで熾烈な昇格争いが続き、徳島ヴォルティス、アビスパ福岡、V・ファーレン長崎の３チームに絞られたなかで、最終節前の41節に徳島と福岡がJ１行きを決めた。
なお、最終節は巡り合わせの妙から、徳島と福岡の“優勝決定戦”に。その結果、大一番には敗れたものの得失点差で上回った徳島がJ２初優勝を決めた。得点王には22ゴールを挙げたピーター・ウタカ（京都サンガF.C.）が輝いた。
J２最終順位と得点ランキングは以下の通り。
Ｊ２――最終盤まで熾烈な昇格争い
順位（勝点）
１位 徳島（84）
２位 福岡（84）
３位 長崎（80）
４位 甲府（65）
５位 北九州（65）
６位 磐田（63）
７位 山形（62）
８位 京都（59）
９位 水戸（58）
10位 栃木（58）
11位 新潟（57）
12位 東京V（54）
13位 松本（54）
14位 千葉（53）
15位 大宮（53）
16位 琉球（50）
17位 岡山（50）
18位 金沢（49）
19位 町田（49）
20位 群馬（49）
21位 愛媛（34）
22位 山口（33）
得点ランキング（チーム／得点数）
１位 ピーター・ウタカ（京都／22）
２位 ディサロ燦シルヴァーノ（北九州／18）
３位 垣田裕暉（徳島／17）
４位 山口一真（水戸／15）
５位 ヴィニシウス・アラウージョ（山形／14）
１位 徳島（84）
２位 福岡（84）
３位 長崎（80）
４位 甲府（65）
５位 北九州（65）
６位 磐田（63）
７位 山形（62）
８位 京都（59）
９位 水戸（58）
10位 栃木（58）
11位 新潟（57）
12位 東京V（54）
13位 松本（54）
14位 千葉（53）
15位 大宮（53）
16位 琉球（50）
17位 岡山（50）
18位 金沢（49）
19位 町田（49）
20位 群馬（49）
21位 愛媛（34）
22位 山口（33）
得点ランキング（チーム／得点数）
１位 ピーター・ウタカ（京都／22）
２位 ディサロ燦シルヴァーノ（北九州／18）
３位 垣田裕暉（徳島／17）
４位 山口一真（水戸／15）
５位 ヴィニシウス・アラウージョ（山形／14）
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