第96回天皇杯が８月27日に開幕する。１回戦は同27日、28日に開催され、J１からは磐田と福岡、J２全チーム、シードチームとして全日本大学サッカー選手権大会優勝の関西学院大、都道府県代表チームが出場する。磐田と福岡を除くJ１チームは、ACL出場シードJ１チーム（広島、G大阪、浦和、FC東京）が４回戦（ラウンド16）からの出場となり、それ以外のチームは２回戦から出場する。
 
　また、３回戦までは組み合わせが決まっており、ラウンド16以降の組み合わせは３回戦終了後に発表される。なお、決勝は2017年１月１日（日・祝）に市立吹田サッカースタジアムで行なわれる。
 
　天皇杯１回戦の組み合わせは、下記のとおり。
 
８月27日（土）
18:00　ガイナーレ鳥取 vs ファジアーノ岡山ネクスト　とりスタ
18:00　FC町田ゼルビア vs 神奈川大　町田
17:00　栃木ウーヴァFC vs 山梨学院大オリオンズ　栃木グ
18:00　徳島ヴォルティス vs FC徳島セレステ　鳴門大塚
17:00　ギラヴァンツ北九州 vs 福岡大　本城
17:00　AC長野パルセイロ vs 北陸大　南長野
18:30　V・ファーレン長崎 vs 高知ユナイテッドSC　トラスタ
18:00　大分トリニータ vs MD長崎　大銀ド
19:00　清水エスパルス vs 関西大　アイスタ
18:00　水戸ホーリーホック vs 東京国際大　Ksスタ
17:00　カターレ富山 vs 新潟医療福祉大　富山
13:00　コンサドーレ札幌 vs 筑波大　札幌厚別
15:00　松江シティFC vs ファジアーノ岡山　松江陸
16:00　東海学園大 vs 鈴鹿アンリミテッドFC　名古屋港
18:00　モンテディオ山形 vs アルテリーヴォ和歌山　NDスタ
15:00　ザスパクサツ群馬 vs ソニー仙台FC　群馬サ
13:00　MIOびわこ滋賀 vs 関西学院大　東近江
18:00　レノファ山口 vs 東海大熊本　維新公園
15:00　福島ユナイテッドFC vs ザスパ草津チャレンジャーズ　とうスタ
18:00　東京ヴェルディ vs VONDS市原FC　味フィ西
13:00　奈良クラブ vs 京都産業大　鴻ノ池
16:00　SRC広島 vs 愛媛FC　広島一球
13:00　FC岐阜 vs Honda FC　長良川球
13:00　ブラウブリッツ秋田 vs ヴァンラーレ八戸　A-スタ
18:00　ジェフユナイテッド千葉 vs 北海道教育大岩見沢校　フクアリ
19:30　FC琉球 vs ホンダロックSC　沖縄県陸
８月28日（日）
18:00　ジュビロ磐田 vs FC岐阜SECOND　ヤマハ
18:00　横浜FC vs 山形大　ニッパツ
16:00　アビスパ福岡 vs 鹿児島ユナイテッドFC　レベスタ
19:00　ロアッソ熊本 vs FC.TOSU　うまスタ
16:00　カマタマーレ讃岐 vs FC今治　ピカスタ
13:00　グルージャ盛岡 vs 早稲田大　岩手陸
18:00　松本山雅FC vs 徳山大　松本
16:00　ツエーゲン金沢 vs サウルコス福井　石川西部
19:00　セレッソ大阪 vs アルヴェリオ高松　金鳥スタ
18:00　京都サンガFC vs バンディオンセ加古川　西京極