J１リーグは６月27日に最終節の９試合が開催された。味の素スタジアムで行なわれたFC東京対清水は、３-２でホームのFC東京が勝利。第１ステージ終了後にドイツ・ブンデスリーガのマインツへ移籍し、これが国内ラストゲームとなる武藤の花道を飾った。
 
　試合は、最下位に低迷する清水が立ち上がりから積極的な姿勢を見せた。前線の大前、P・ウタカ、金子らがキレのあるドリブル突破とテンポの良いパス回しでチャンスを作る。
 
　26分にはP・ウタカが抜け出しGKと１対１となるも、ここは権田がセーブしピンチを凌ぐ。34分にもカウンターから水谷が抜け出しシュートを放ったが、枠を捉えきれなかった。
 
　やや押され気味のFC東京だったが、38分に待望の先制点を奪う。敵陣の高い位置で相手ボールをカットした梶山がそのまま持ち上がり、東にラストパス。パスを受けた東がGK櫛引をかわしてゴールに流し込んだ。
 
     しかし後半立ち上がりの50分に清水が反撃。P・ウタカが最終ラインの裏に抜け出し、折り返しを水谷がシュート。これは右ポストに弾かれたものの、こぼれ球を枝村が再度折り返して大前が押し込み、清水が１-１に追いついた。
 
　一方なかなか見せ場を作れない武藤は57分、ディフェンスラインの裏を突いて徳永からのクロスに頭で合わせたもののヒットせず。しかし３分後、カウンターから武藤がドリブルで仕掛け清水守備陣を引き付けると、フリーの前田にラストパス。これを前田が左足でねじ込み、FC東京が勝ち越した。
 
　さらに66分、太田のFKから前田がヘディングシュートを叩き込み、３-１とFC東京が２点をリードする。83分に清水の石毛にゴールを許し１点差に迫られたFC東京だが、その後の反撃を抑え切り、３-２で第１ステージ最終戦を勝利で飾った。
 
　試合終盤には、この試合でチームを去る武藤に向けてサポーターから、"武藤コール"も贈られた。結局ノーゴールに終わったものの、１アシストを決めた武藤は試合後、「素晴らしいファン・サポーターの前でプレーするのが最後になるのは、すごく寂しい。決められなかったのは残念。ドイツや日本代表でしっかり活躍して恩返ししたい」と語った。
 
　今夏から武藤の新たな戦いの舞台となるブンデスリーガは、８月14日に開幕。武藤が所属するマインツは、ホームで昇格組のインゴルシュタットと対戦する。