2020年６月５日、FC東京が「スタジアム確保が困難」という理由により今季のJ3リーグへのU－23チーム参加辞退を発表した。それを受け、FC東京の大金直樹社長はファン・サポーター、関係者などに以下のようなコメントを発している。

「J3リーグ参加辞退の主な理由はスタジアム確保の問題となりますが、改めてみなさまにお伝えしたい事は、このタイミングで決断をしたことに対して、ファン・サポーターのみなさまをはじめ、普段から支えていただいている関係者のみなさまの、観戦・応援の機会を失うこととなり、同様にJリーグ、J3各クラブのみなさまには多大なご迷惑をおかけしているので本当に申し訳ない気持ちだという事を改めてお伝えしたいです」

　そして、参加辞退に対する対応として以下のことをクラブリリースで発表した。
 

　まず「コーチ兼FC東京U－23監督」として登録していた長澤徹氏は「コーチ」として引き続きトップチームを指導する。

　また、2020シーズンのFC東京U-23に関連した商品の販売は、本日で終了。対象となる商品「U-23ユニフォーム1st/2nd」、「ナンバーベアキーチェーンU-23ver.」をすでに購入した方には、希望に応じて購入代金の返金を予定しているという。

構成●サッカーダイジェスト編集部